1586 yılında Maraş beylerbeyliği görevini üstlenen Ali Paşa, ardından sırasıyla 1591-92’de Halep, 1592-93’te Şam, 1593-94’te Konya ve Rakka beylerbeyliği görevlerinde de bulunmuştur.
Ali Paşa’nın ölümüyle ilgili iki farklı görüş bulunmaktadır. Mehmed Süreyya’ya göre Ali Paşa, 1595-96 yıllarında Govişte Muharebesi sırasında esir düşmesi sonucunda hayatını kaybetmiştir. Öte yandan Murat Yıldız, Bostancı Ali Paşa’nın Budin muhafazası için görevlendirildiğini, ancak görev yerinde ihmalkâr davranışı nedeniyle önce uyarıldığını belirtmektedir. Yıldız’a göre Ali Paşa, 1595’te Estergon Kalesi savunmasındaki yetersizliği nedeniyle Anadolu ve Temaşvar beylerbeyleriyle birlikte cezalandırılmak üzere fermanla İstanbul’a bildirilmiştir.
Bostancı Ali Paşa, hem Maraş hem de Osmanlı sınırları içerisindeki çeşitli önemli görevlerde yer almış, dönemin askeri ve idari yapısına katkı sağlamış bir Osmanlı devlet adamı olarak tarih sahnesinde yerini almıştır.
