Doğum tarihi kesin olarak bilinmese de, muhtemelen Maraş'ta doğmuştur. Ailesi aslen Maraşlı olup İstanbul'a göç etmiştir. Babası Mehmed Emin Efendi, Şeyhülislâm Pîrîzâde Osman Molla'ya mektupçuluk yapmıştır. Abdülbâkî Efendi medrese eğitimini tamamladıktan sonra bir süre Torunzâde Emin Efendi'nin kethüdalığında bulunmuştur.
Kethüdalık görevinden sonra kadılık yapmış, ardından hâcegânlık rütbesi alarak H. 1212/M. 1807'de Âmedî Odası'na memur atanmıştır. H. 1223/M. 1808'de tezkire-i sânî görevi ile Rumeli'ye memur olmuş ve bu sırada Belgrad'a gitmekte iken H. 1227/M. 1812'de Şumnu'da vebadan vefat etmiştir. Vefat tarihiyle ilgili olarak "Şumnu'da Bâkî Efendi oldu tâundan şehîd" şeklinde bir mısra kaydedilmiştir ve mezarı da Şumnu'dadır.
Şiirlerinde Bâkî mahlasını kullanan Abdülbâkî Efendi'nin, şiir ve inşa konusunda yetenekli olduğu belirtilmektedir. Ancak günümüze kadar ulaşan herhangi bir eseri tespit edilememiştir. Ona ait olduğu belirtilen "Muhammed Begefendi şıkk-ı evvel oldı devlet-de" mısrası ise H. 1196/M. 1781-82 yılına aittir ve Abdülbâkî Efendi'ye ait olarak bilinmektedir.
