Doğum tarihi kesin olarak bilinmemekle birlikte, Zeytunlu olup meşhur kadılardan Uzun Kasım olarak bilinen Zeytunizade Kasım Efendi’nin oğludur. İlk eğitimini Zeytun’da tamamlayan Ali Efendi, Karesili Hasan Efendi’nin öğrencisi olarak yetişti. Bir süre Kütahya’daki Balaban Paşa Medresesi’nde müderrislik yaptıktan sonra 1565 yılında Trabzon Sultaniyesi’nde hem müftü hem de müderris olarak görev aldı. Daha sonra memleketi Zeytun’a kadı olarak tayin edildi ve 1571 yılında burada vefat etti.
Ali Efendi, Ebu Zeyd El-Şibli’nin El Miftah Şerh-i Nur-ül İzah ve İmam Mergani’nin El-Hidaye adlı eserleri üzerine yaptığı şerh çalışmalarıyla ilim dünyasında saygın bir yer edinmiştir.
