Bu medresenin, XV. yüzyılın ilk çeyreğinde Nasırüddin Mehmed Bey tarafından inşa edildiği anlaşılmaktadır. Tespit edilebildiği kadarıyla, Dulkadir Beyliği döneminde Maraş’ta yaptırılan ilk medresedir. Daha sonraki yıllarda, Alaüddevle Bey bu medreseyi tamir ettirmiş ve yanına bir mescit inşa ettirerek külliye haline getirmiştir. Günümüzde Maraş’ta, Sütçü İmam Çeşmesi’nin kuzeybatısında, Bektutiye adıyla bilinen ve aynı zamanda Çınarlı Camii olarak tanınan bir mescit bulunmaktadır. Ancak mescidin çevresinde medreseye benzer bir yapı ya da kalıntıya rastlanmamaktadır. medrese binasının ilerleyen dönemlerde yıkılarak yok olduğu düşünülmektedir.
Alaüddevle Bey’in 1500 tarihli (H. 906) vakfiyesinde bu medrese, Kadı Medresesi olarak kaydedilirken; 1510 tarihli (H. 916) vakfiyede ise Bektutiye Medresesi adıyla anılmıştır. İlk vakfiyede medreseye, Bektutlu Cemaati’nin hizmet ettiğinden söz edilmektedir. Vakfiyeler, tapu tahrir defterleri ve diğer arşiv belgelerine dayanarak anlaşılmaktadır ki, Nasırüddin Mehmed Bey ilk olarak eserine Kadı Medresesi adını vermiş, fakat zamanla bu medreseye hizmet eden Bektutlu Cemaati’nin adıyla anılır olmuştur.
Tahrir kayıtlarından elde edilen bilgilere göre, Alaüddevle Bey’in Bektutlu Cemaati’ne özel bir ilgi duyduğu ve bu nedenle Kadı Medresesi’nin adını değiştirerek Bektutiye Medresesi koyduğu anlaşılmaktadır. Ayrıca, bu medreseye hizmetkâr olarak yine bu cemaat görevlendirilmiştir. Babası Süleyman Bey’in ruhuna Kur’an okutmak amacıyla da Bektutlu Cemaati’nden Ahmed bin Bektut adlı kişiye Ilgıdın, Meydan ve Kamalak köylerini vakfetmiştir. 1525 tarihli kaynaklarda Bektutlu Cemaati’nin toplam otuz bir hane, bir imam ve bir kethüdadan oluştuğu kaydedilmiştir.
Medreseyi yaptıran Nasırüddin Mehmed Bey, ayrıca medresenin sürdürülebilirliği için vakıf gelirleri tahsis etmiştir. Ancak kendisi tarafından hazırlanan bir vakfiye günümüze ulaşmamıştır. Bu medreseyle ilgili bilgiler, ağırlıklı olarak Alaüddevle Bey’in vakfiyelerinden edinilmektedir. Ayrıca Alaüddevle Bey, Bektutiye Medresesi’ne ilaveler yaparak vakıflarını yeniden canlandırmıştır ve bu vakıfların detayları da vakfiyelerde belirtilmiştir.
Osmanlı Devleti dönemine ait belgeler ve eserlerde, cami ve medreselerde görev yapan çeşitli kişilerin kimliklerini tespit etmek mümkün olmuştur. Alaüddevle Bey, vakfın mütevelliliğini yalnızca kendi erkek evlatlarına şart koşmuştur. Bu durumdan ötürü, bu cami ve medreselerin vakıfları Alaüddevle Bey’in bir dinî hayır hizmeti kapsamında oluşturduğu vakıflardan sadece biri olarak değerlendirilmekte ve ayrıca ayrı bir mütevellisi bulunmamaktadır.
Bektutiye Medresesi’nde görev yaptığı tespit edilen şahıslar şu şekilde sıralanmıştır: 1540 yılında ünlü müderrislerden Şeyh Şemseddin’in bu medresede müderrislik yaptığı anlaşılmakta, sonrasında ise Mevlâna Zeynelabidin’in aynı medresede tedrisatta bulunduğu görülmektedir. Hicri 1105/Miladi 1694 tarihinde ise Mehmed Efendi, Kibar-ı müderris olarak hizmet verirken, Hüseyin ve Numan Efendiler de müderrislik görevini üstlenmiştir. Hicri 1194-1215/Miladi 1780-1800 yılları arasında Mustafa Efendi’nin müderris olduğu, 1800 yılından sonra ise Ömer Kâmil ve Mehmed Efendilerin bu görevde bulunduğu belirtilmiştir.
Ayrıca 1525 yılında Mevlâna Muhyiddin’in, Alaüddevle Bey’in şart koşmasıyla ölene dek Bektutiye Camii imamı olarak atanmış olduğu ifade edilmektedir. Hicri 1187/Miladi 1773’te Mustafa Halife, caminin imam ve hatibi olarak görev yapmıştır. Hicri 1239/Miladi 1823 yılında vaiz ve nasih olarak Seyyid Mehmed Said Efendi’nin görev üstlendiği; Hicri 1323/Miladi 1905’te ise imamlık görevini Küçük İmam-zâde Hafız Mustafa Efendi’nin yürüttüğü kayıt altına alınmıştır.
