Baba İshak, Babaîlik ayaklanmasının önde gelen isimlerindendir. Hüseyin Hüsameddin’e göre onun asıl adı İzak idi ve Trabzon’daki Komnenos hanedanına mensup bir Rum dönmesiydi. Asıl hedefi de Amasya’da bir Rum imparatorluğu kurmaktı. Bunun için Müslüman gibi görünüp Hristiyanlık ve Müslümanlık inançlarını bir araya getirerek kendi doktrinini geliştirmişti. Ancak bu bilginin güvenilirliği tartışmalıdır. Zira Hüsameddin Hüseyin, böyle bir izahatta bulunurken herhangi bir kaynak göstermediği gibi başka kaynaklarla da bu bilgi teyit edilememektedir. Öte yandan Ahmet Yaşar Ocak’ın dikkat çektiği üzere Hüsameddin Hüseyin, Fuad Köprülü, Osman Turan, Baba Resûl veya Babaîler isyanının lideri olarak Baba İlyas’ı değil Baba İshak’ı göstermişlerdir. Nitekim Babaîlik tarikatının kurucusu olarak Baba İlyas’ın ismi zikredilmesine rağmen o, isyan faaliyetlerinin dışında tutularak ayaklanmayı asıl çıkaran kişi Baba Resûl’ün bizzat Baba İshak olduğu ifade edilmiştir. Böyle bir izahın yapılmasının sebebi ise kaynak olarak kullanılan İbn Bibi’nin eserinde Baba Resûl’ün adı olarak Baba İshak’ın isminin geçmesidir. Ancak Baba İlyas-ı Horasanî’nin torunlarından mutasavvıf şair Elvan Çelebi’nin Menâkıbu’l-Kudsiyye adlı eserinde yaptığı açıklama, isyanı planlayan kişinin Baba İshak değil Baba İlyas olduğunu ortaya koymaktadır. İsyan sırasında Malatya’da bulunan Süryani tarihçi Abu’l-Farac da bu hususu teyit edecek nitelikte bilgi vermiştir.
Abu’l-Farac, Amasya yakınlarında yaşayan bir Türkmen şeyhinin kendisini “peygamber” ilan ederek müridi İshak namındaki kişiyi de Türkmenleri kendi tarafına çekecek propaganda faaliyetlerini yürütmesi için Hısn-ı Mansur’da görevlendirdiğini söylemiştir.
Baba İshak’ın Babaî isyanı sırasındaki faaliyetleri dışında, hayatına dair bir bilgi mevcut değildir. O karakteri ve ka-biliyeti ile Baba İlyas-ı Hora-sanî’nin dikkatini çekmeyi ba-sarmıştır. Kısa süre içinde Baba İlyas’ın güvenini kazanan Baba İshak, isyanın planlanması ve propaganda faaliyetlerinin yü-rütülmesinde de başlıca rolü üstlenmiştir. Nitekim Baba İl-yaş, Baba İshak’a bizzat kendi sarığını vererek onu ayaklanma faaliyetlerini teşkilatlandırma hususunda tam yetkili kılmıştı.
Babaîler isyanı çağdaş kay-naklara göre Baba İshak tara-fından Maraş ve Elbistan dolay-larında başlatılmıştı. Selçuklu, Hârizmli ve Eyyûbilerin askerî faaliyetlerinin yoğun olarak görüldüğü bu bölgede Türk-men nüfusu da oldukça kala-balıktı. Bu sahada Müslüman ve Hristiyan inançlarına bağ-lı halklar, müfrit Şiiler, Mani ve Hristiyan akidelerine bağlı Pavlakilere ait inançlar birbi-rine karışmıştı. Bölgeye gelen Türkmenler ise her ne kadar İslam dinini kabul etmiş olsa-lar da yarı Samanı inanca olan bağlılıklarını sürdürmüşler ve yabancı geleneklerin etkisinde kalmaktan uzak duramamışlar-dı. İşte bu mevcut durum Baba İshak tarafından bir avantaj olarak görülmüştü. Nitekim o zamanlar Biladü’ş-Sam denilen bölgede yani Adıyaman (Hısn-ı Mansûr) yakınlarındaki Ke-fersud’da yaşayan Baba İshak, kendini acındıran mütevazı ve dindar bir duruş sergileyerek bölgedeki Türkmenleri yanına çekmeyi başardı ve onları si-lahlandırıp harekete geçti. Baba İshak’a bağlı kişiler kısa sürede Kefersud’dan başlamak üzere Adıyaman, Kâhta, Maraş, Ger-ger ve Sumeysat taraflarını yağ-ma ve tahrip ettiler. Kendileri-ne karşı gelenleri Müslüman, Hristiyan demeden öldürdüler. Böylece çok geçmeden bölgeye hâkim oldular ki, halkın cıd-di bir kısmı ya korkuyla ya da gönüllü olarak Babaîler hare-ketine katıldılar. Baba İshak’ın emrindekiler Malatya’ya kadar ilerlediler. Malatya Sübaşısı Alişiroğlu Muzafferü’d-dîn, Ba-baîlere karşı mücadele ettiyse de başarılı olamadı. Daha sonra kuvvetlerini yeniden toplayan Alişiroğlu, Babaîlere karşı ikin-ci bir hamle yaptı, fakat yine istediği neticeyi elde edemedi. Bu durum Babaî hareketine yeni katılımlar olmasına se-bep oldu. Öte yandan Mübâ-rizü’d-dîn Hacı Armağanşah, Babaîlere karşı yapılan müca-deleyi yürütmek adına Amas-ya sübaşılığı görevine getirildi. Baba İlyas-ı Horasanî de bu sırada Amasya Kalesinde bu-lunuyordu. Baba İshak’a haber göndererek ondan Amasya’ya gelmek yerine Canik tarafla-rına doğru ilerlemesini istedi. Baba İlyas’ın bundan amacı ise, büyük bir olasılıkla, Selçuklu birliklerinin Baba İshak’ın pe-sinden gitmelerini sağlayarak Amasya üzerindeki baskıyı azaltmak istemesiydi.
Bu arada Babaîlerin öncü kuvvetleri Sivas tarafına yöneldiler. Sivas halkı direnmeye çalıştıysa da onları durduramadılar. Şehrin İğdişbaşısı Hurremşah ve ileri gelenlerinin bir kısmı öldürüldüler. Ellerine pek çok ganimet geçen Babaîlere yeni katılanlar da oldu. Sayıları her geçen gün artan Babaîler, Amasya’ya doğru ilerlerken beklemedikleri bir olay yaşandı. Selçuklu kuvvetlerinin başında yer alan Armağanşah, Baba İlyas-ı Horasanî’ye karşı hücuma geçti ve onu öldürttü. Ancak Babai taraftarları şeyhlerinin olduğune bir türlü ikna olmadılar ve onun gökyüzüne çıktığını iddia ederek Selçuklu askerlerine karşı direnmeye devam ettiler. Armağanşah da bu çarpışmalardan birinde şehit oldu. Şeyhinin öldürülmesine oldukça öfkelenen Baba İshak, intikam duygusuyla Konya’ya hücum etmeye karar verdi. Bütün bu yaşananlar karşısında Selçuklu Sultanı II. Gıyâseddîn Keyhüsrev ise gerekli tedbirleri almaya çalıştı. Erzurum’da Moğollara karşı sınırı korumakla görevli askerî birlikleri yardıma çağırdı. Altı gün içinde Erzurum’dan Sivas’a gelen Selçuklu askerleri gerekli teçhizatlarını tamamladıktan sonra Kayseri’ye geldiler. Ba-bailer de bu esnada kadınlar, çocuklar ve süruleriyle beraber Kırşehir tarafına ulaşmışlardı. Nihayetinde iki taraf da Kırşehir’in Malya Ovası’nda karşı karşıya geldiler. Selçuklu ordu komutanı Emir Necmü’ddîn; Behramşah Candar’ı, Gürcü asıllı Zahîreddin Şîr’i ve ücretli Frankların komutanını öncü olarak gönderdi. Bundan kısa bir süre sonra da iki taraf Malya Ovası’nda çarpışmaya başladılar. Oldukça çetin ve şiddetli geçen bu mücadele sırasında Baba İshak öldürüldü. Kadın ve çocukların haricinde Babaîlerin birçoğu kılıçtan geçirildiler. Onlardan çok azı kaçıp kurtulmayı başardı.
