Duraklı Medresesi, caminin kuzeydoğu tarafına bitişik olarak konumlanmıştır. Yapı, 1319/1901 tarihli Maarif Salnamesi’nde “At Oluğu Medresesi” olarak da kaydedilmiştir ve medresenin bulunduğu semt günümüzde “At Oluğu” adıyla bilinmektedir. Medrese, maalesef 2004 yılında yıkılmış, 2015 yılında ise aslına uygun şekilde yeniden inşa edilmiştir. 1998 yılında medresenin mevcut durumu bilimsel olarak incelenmiş ve yayımlanmıştır.
Medrese, camiye bitişik olarak yol kenarına kuzey-güney doğrultusunda, üç katlı bir görünüm sergileyen çarpık planlı bir yapı olarak inşa edilmiştir. Dıştan yaklaşık 4.50 x 14.50 metre ölçülerindedir. Alt kat duvarları ahşap hatıllı kaba yonu ve moloz taşla, diğer katların duvarları ise Bağdadî tarzında yapılmıştır. Örtü sistemi tamamen ahşaptan oluşmaktadır.
Doğu cephede açılan basık kemerli kapı, medresenin altından avluya bağlanan bir geçide açılmaktadır. Bu nedenle alt kat ikiye bölünmüştür. Kuzey tarafındaki bölüm orijinal hâliyle korunmuş ve tek hacim olarak odunluk amacıyla kullanılmaktadır. Güney taraf ise cami görevlerinin kalması için onarımlar sırasında betonarme olarak yeniden düzenlenmiştir.
Zemin kata bitişik birinci kat, zemin katla aynı ölçüde olup batı duvarında yer alan ahşap merdivenle çıkılmaktadır. Üzeri düz ahşap tavanla kaplı olan bu mekân doğu ve batı duvarlarında açılan ikişer pencereyle aydınlatılmıştır.
İkinci kat, kuzey-güney doğrultusunda yer alan dikdörtgen ve hafif çarpık bir plana sahiptir. Kat bir sofa ve üç odadan oluşur. Sofaya batı taraftaki merdivenden ulaşılır. Sofanın kuzey tarafındaki odaya iki basamaklı merdivenle çıkılmakta, iç mekâna güney duvarında açılan kapıdan girilmektedir. Bu odanın aydınlığı beş pencere ile sağlanmaktadır. Sofanın güney tarafında kalan iki oda ise altı pencere ile aydınlatılmıştır. Güney köşedeki küçük oda, güney ve doğu duvarlarında açılan ikişer pencereyle ışık almaktadır.
Medrese sade bir şekilde inşa edilmiştir ve tarihi süreç boyunca camiye bağlı düşük dereceli eğitim kurumu olarak hizmet vermiştir. 1901 yılında medresede on iki öğrenci eğitim görmüş, müderris olarak Darendeli Hacı Mehmet Hilmi Efendi görev yapmıştır. Yapı 1920’li yıllara kadar eğitim fonksiyonunu sürdürmüştür.
